Az oszmán állam és társadalom berendezkedése megkövetelte a hadsereg állandó mozgását, igényeinek kielégítését. A szultán csak így tudta biztosítani a hadsereg állandó fönntartását. 1541-ben (augusztus 29.) Buda elfoglalásával Magyarország három részre szakadása megakadályozhatatlan lett. A királyi Magyarország az ország nyugati és északnyugati részeivel a Habsburgok kezén maradt, az ország középső részét, az úgynevezett Hódoltságot a törökök szerezték meg, míg Erdélyt, a Tiszántúlt és a Temesközt a szultán évi adó fejében János Zsigmondra bízta.
Ezt követően állandó célként jelent meg a magyar politikai közéletben az ország újra egyesítésének igénye. A kérdés csupán az, hogy kinek a vezetésével? Két lehetőség volt: I. Ferdinánd mellett János Zsigmond jött szóba, aki az 1540-ben elhunyt Szapolyai János fia volt, és akit anyja, Izabella, valamint Fráter György, egy politikai ambíciókkal rendelkező pálos rendi szerzetes, Szapolyai János bizalmasa képviselt. 1541 decemberében született egy megállapodás Gyalu várában Fráter György és I. Ferdinánd között, melynek értelmében a koronát és a keleti országrészt I. Ferdinánd megkapja Izabella és János Zsigmond kárpótlása fejében.
Az Oszmán Birodalom szeme előtt azonban továbbra is Bécs lengett végső célként. A magyar területek csupán az ehhez vezető út szerepét játszották, és ennek megfelelően kezelték is. Buda és a Duna menti hadi út megerősítése érdekében 1543 és 1545 között több expedíciót vezettek. Elfoglalták és jelentős katonai erővel látták el többek között Esztergomot, Tatát, Székesfehérvárt, Visegrádot, Vácot.
Magyarország helyzetén az segített, hogy a Porta keleten kényszerült erői fölhasználására. 1547-ben öt évre szóló békét kötött I. Szulejmán és I. Ferdinánd. A szerződés értelmében I. Ferdinánd évi 30 ezer aranyat ad a szultánnak ajándékként, cserébe a béke kiterjed Ferdinánd országaira is. Kihasználva a lélegzetvételnyi időt, Fráter György felelevenítette az ország egyesítésének kérdését. 1549-ben megkötötte I. Ferdinánddal a nyírbátori egyezményt. A szerződés szerint II. János király és Izabella lemondanak, kárpótlásul pénzt és sziléziai területeket kapnának. Izabella azonban meggondolta magát és beárulta a paktumot a Portán.
György barát lépéskényszerbe került, be kellett hívni az osztrák haderőt, amely Gianbattista Castaldo vezetésével meg is érkezett, a korabeli értékelés szerint követségnek elég népes, véderőnek azonban meglehetősen csekély volt. Izabella és János Zsigmond elhagyta Erdélyt a megállapodásnak megfelelően. A helyzet megmentése érdekében a barát tárgyalásokat kezdett Szokollu Mehmed beglerbéggel. Erre a lépésre az amúgy is bizalmatlan Castaldo válaszként 1551. december 17-én megölette Fráter Györgyöt Alvinc várában.
Az 1551-52-ben mozgásba lendült oszmán haderő (elfoglalták Becse, Becskerek és Csanád várát) az események hatására erőteljes támadást indított a magyar végvárak ellen. Kara Ahmed másodvezír elfoglalta Lugos, Karánsebes, Temesvár (védője Losonczi István) és Lippa várát. Ennek lett eredménye a második vilajet megszervezése Temesvár központtal, amelyre támaszkodva a térség ellenőrzése nem okozott nagy gondot az oszmán haderőnek.
A hadjárat másik iránya Hádim Ali budai pasa csapása volt. Éket vágtak az észak-dunántúli magyar végvárvonalba Veszprém elfoglalásával, majd északnak fordult és elfoglalta többek között Drégely (védője Szondi György) várát. A két oszmán haderő Szolnoknál egyesült, amit Nyáry Lőrinc az idegen zsoldosok elmenekülése ellenére is megpróbált megvédeni – sikertelenül.
Ezt követően kezdték ostromolni a Felvidék kapujaként emlegetett Eger várát. Dobó István 2000 fős védelemmel sikeresen vette föl a harcot az oszmánokkal szemben. A siker sokáig adott erkölcsi erőt a magyarságnak. Az elkövetkező esztendőkben lelassult az oszmán haderő mozgása, egy-egy akciót indítottak, de jelentősebb hadjárat nem volt 1566-ig, Szigetvár bevételéig. A várat Zrínyi Miklós védte a sikeres hódítóként az ostrom közben elhunyt I. Szulejmánnal szemben. A Tiszántúlon Gyula, Jenő és Világosvár került oszmán kézre.
Ezzel a várháborúk kora lezárult. 1568-ban II. (magyar királyként I.) Miksa császár és II. Szelim megkötötte a drinápolyi békét. Évi 30 ezer arany fejében Erdély és király kezén lévő területek megmaradnak Miksa birtokában. Így konzerválódott Magyarország három részre osztottsága. A béke ellenére a belső portyák, helyi csetepaték tovább pusztították az országot.
